Die Erde sollte nie vollständig austrocknen, darf aber vor allem auch nicht andauernd nass sein, damit die feinen Wurzeln nicht von Fäulnis befallen werden. Zum Wässern eignen sich verschiedene Methoden; z. B. ein Wasserbad wie unten beschrieben oder mit der Giesskanne oder der Ballbrause giessen. Für welche Art man sich entscheidet hängt vom Bonsai und der Situation ab. Ein Bonsai welcher voller Blätter ist und in einer nicht zu grossen Schale steht, verträgt ein Wasserbad sehr gut. Verliert jedoch derselbe Bonsai aus irgendeinem Grund seine Blätter oder wird er stark zurückgeschnitten, sollte man auf die Giesskanne oder Ballbrause zurückgreifen. Denn Pflanzen verdunsten das Wasser über ihre Blätter. Je weniger Blätter sie hat, desto weniger Wasser verbraucht sie. Wenn man weiterhin ein Wasserbad gibt, bleibt die Erde zu lange nass. In der Folge würden die Wurzeln faulen und absterben. Daher ist es wichtig, dass die Erde vor dem nächsten Giessen leicht antrocknen kann.

Der Unterschied zwischen den verschiedenen Giessmethoden:
Den Erdballen kann man sich wie einen Naturschwamm vorstellen. Wird er ins Wasser getaucht, saugt er sich komplett voll. Wird er in trockenem Zustand mit der Giesskanne begossen, sickert das Wasser langsam durch ihn durch, wobei er unten nasser ist als oben. Da bei der Ballbrause weniger Wasser als bei der Giesskanne herausfliesst, muss eher mehr gewässert werden, damit die Erde nicht nur an der Oberfläche feucht wird.

Zum Giessen sollte möglichst kalkarmes Wasser verwendet werden – also idealerweise Regenwasser oder abgekochtes Leitungswasser. Das Giesswasser sollte idealerweise leicht lauwarm sein oder zumindest Zimmertemperatur haben.

Zimmerbonsai werden optimalerweise alle zwei Jahre jeweils im März, spätestens im April umgetopft. Dabei ist ein Wurzelschnitt erforderlich, bei dem vor allem die dicken Wurzeln zurück geschnitten werden. Wichtig ist jedoch, dass man genügend feine Wurzelhärchen belässt, damit die Wasseraufnahme der Pflanze weiterhin gewährleistet ist. Die neue Schale wählt man so, dass sie in Form und Farbe mit der Pflanze harmoniert. Zu einem Bonsai mit schlankem Stamm und zierlichem Wuchs passt eine flache Schale, während einem knorrigen Baum mit dickem Stamm eine tiefere Schale entspricht.
Zum Umtopfen ist ausschliesslich Bonsaierde zu verwenden, denn sie muss eine Reihe von Anforderungen erfüllen, u. a. den Wurzeln Halt geben, Nährstoffe speichern und die Sauerstoffzufuhr gewährleisten.

Der Formschnitt – das Zurückschneiden der Triebe – wird bei den Zimmerbonsai fortwährend vorgenommen. Je nach Pflanzenart und Jahreszeit werden die Triebe, sobald sie 4 bis 15 cm lang gewachsen sind (je länger man den Trieb wachsen lässt, desto dicker wird er), auf ein bis drei Knospen zurückgeschnitten. Ob die erste, zweite oder die dritte Knospe stehen gelassen wird, hängt unter anderem von der gewünschten Wachtumsrichtung, dem Abstand zwischen den Knospen und der Blatt- bzw. Knospenstellung ab.
Der Rückschnitt der Triebe sollte unbedingt mit einer Bonsaischere durchgeführt werden, um eine saubere Schnittstelle zu gewährleisten. Diese Spezialwerkzeuge haben sehr scharfe Klingen und weisen im Gegensatz zu anderen Scheren einen Schliff auf, der die weichen Triebe nicht quetscht. Es gibt grosse Qualitätsunterschiede beim Bonsaiwerkzeug, was auch die zum Teil grossen Preisunterschiede bei den Händlern erklärt. Eine gute Schere erleichtert nicht nur das Arbeiten am Bonsai, sondern die Schnittstellen können auch schneller und besser verheilen. Auch hält die Schere sehr lange ohne nachschleifen zu müssen.